目前中国农副产品冷链物流的运作模式大体分为四类：一是以农副产品批发市场营运商为主导的冷链物流模式；二是以大型连锁超市为主导的冷链物流模式；三是以食品加工企业为主导的冷链物流模式；四是以冷库为主体的冷链物流模式。据空调制冷大市场调查了解，目前，生产企业如上海光明乳业、河南双汇、江苏苏食集团、上海食品公司、天津水产集团等冷链都有新的突破。上海百联、北京物美、江苏苏果等连锁集团以及广东省食品进出口集团、北京二商集团冷链物流大步推进。锦江低温、山东荣庆、重庆雪峰、中外运裕和、上海天天大众低温物流公司等冷链第三方物流企业快速成长。
冷链物流是一个系统，缺乏上下游之间的整体规划与协调，出现冷链断点，冷链产业链断裂，严重影响冷链物流的效率与效益。冷链物流涉及到生产商，如生产地头、牛奶场、食品加工厂等等，存在滥用农药、添加剂等问题；涉及到冷链物流商，存在冷链运输车辆不合格，有的为省油而人为不制冷；涉及到经销商，在销售环节存在储存、货柜不达标，一些本合格的产品变成不合格；涉及到消费者，缺乏自我保护意识；也涉及到政府监管，职责不清，执法不严，缺乏全过程监控。据空调制冷大市场调查了解，由于工业品物流可以规模运作，利润率相对较高，所以起步早，发展快，而农副产品物流由于中国农业是小农生产方式，物流难度大，特别是冷链物流一次性投入大，回收慢。所以，农副产品物流相对来讲市场化程度低，特别是专业冷链物流公司发展严重滞后，满足不了快速增长的冷链物流需求。
把冷链产业上下游结成供应链，形成一个完整的体系，实行全过程监控，加强冷链物流信息化、精细化、标准化、智能化建设，改变各自为战的局面。哪个环节出了问题都可以追溯，找出真正的原因。特别是推进信息共享，提高冷链全程透明度，要加快冷链标准化的制修订，并与国际接轨。
而政府在推进我国冷链物流发展过程中，发挥着举足轻重的作用，对粮食物流、棉花物流、烟草物流、冷链物流等政府应作出相应规划，定出目标与达到目标的措施，并给予人、财、物方面的大力支持，国家发改委仍要把支持农副产品物流发展项目作为贴息贷款与技改项目的重点。据制冷快报记者了解，商务部2006年以来已支持农副产品批发市场冷链项目92个，新建冷库55万立方米，农副产品流通企业冷链项目171个，应当继续加大力度。财政部的支农物流项目仍要推进。冷链物流要实行政府推动力与市场推动力并举。
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