今年来；由于日本连续发生疯牛病、禽流感等，日本政府卫生防疫部门对也对进口动植物、食品的检验检疫采取了十分严厉的措施。现就日本的有关进境动植物检疫、防疫制度简介如下：
动物检疫。 日本从外国进口动物以牛、马、猪、兔等家畜及各种家畜为主。日本动物检疫的指导原则是《家畜传染病预防法》，以及依据国际兽医事物局（OIE）等有关国际机构发表的世界动物疫情通报制定该法的实施细则（禁止进口的动物及其产地名录）。牛、羊、猪等偶蹄动物，因易感染口蹄疫，日本对这些动物进口十分警惕。日本认为，韩国、菲律宾、美国等32个国家和地区属于无口蹄疫的“清洁地区”，可以正常进口。另有中国在内的9个国家的猪、牛、羊肉及肉制品，要经过指定设备加热进行消毒处理后才可进口。
日本进口商自海外进口动物及其产品，要提前向动物检疫所申报。一般牛、马、猪等急需提前90至120天申报，鸡、鸭、狗等提前40至70天申报。动物进口时，由检疫人员登船检查确认，检查无问题后，检疫所发给进口商“进口检疫证明书”，作为进口申报书的附件办理进口申报书的附件办理进口申报手续。
植物防疫。日本进口植物防疫的指导原则是《植物防疫法》。与动物检疫类似，日本依据国际有关国际机构或学术界有关报告了解世界植物害虫分布情况，制定《植物防疫法实施细则》（禁止进口的植物及其产地名录）。凡属日本国内没有的病虫害，来自或经过其发生国家的有关植物和土壤都严禁进口。货物植物防疫所检查确认无病虫害后，颁发“植物检查合格证明书”。进口商进行进口申报时，将此证明作为进口申报书的附件。禁止进口植物如获得农林水产大臣特别许可也可以进口；获准进口时，日本进口商须将进口许可书寄送给出口商，令其粘贴在该商品上；入境时与一般植物同样办理检疫。对于某些仅凭进口时的检疫无法判断病虫害的植物，日本要求置于专门市场所隔离栽培一定时间接受检查。