目前，我国食用菌年出口额已接近7亿美元，约占全球食用菌贸易总额的40％。其中，福建宁德是全国最大的食用菌产区和重要的出口基地。2007年一季度，宁德共出口食用菌2944.3吨，出口金额为772.61万美元，同比下降36.28％和42.52％。其中，向日本出口食用菌1654吨，出口金额为444.5万美元，同比下降43.64％和50.37％。业内专家认为，我国食用菌对日出口形势不容乐观。
据福建出入境检验检疫局的调研分析，当前输日食用菌面临六大制约因素：
1.日本“肯定列表制度”提高了检测标准。自2006年5月29日以来，日本对我国的香菇、白木耳、黑木耳等食用菌实施命令检查或50％的监控检查。至今，福建出入境检验检疫局已从出口食用菌中检出78批不合格产品。
2.基地化建设水平仍然较低。目前，我国食用菌栽培仍以散户为主。由于生产种植者管理水平参差不齐，栽培规范和标准难以有效实施，一些简易但有碍食用菌安全的不良栽培方式仍然存在甚至被推广，造成大量食用菌存在质量安全隐患。
3.农药管理和使用混乱问题仍未很好解决。除了销售、使用无证农药的现象外，还存在着一药多名、一药多种成分及农药标识不规范等现象，使得菇农很难选择。同时，部分菇农安全用药的意识落后，极易受到误导而违规用药。例如，把一些水稻、蔬菜、水果种植用农药用于食用菌培植等。目前，仅福建的食用菌栽培就涉及50种常用化学品，食用菌药残状况不容乐观。
4.原料收购把关难度较大。目前，我国食用菌原料异地供货现象比较普遍。由于不同产地的食用菌原料卫生质量存在差异，且绝大部分食用菌生产企业没有检测的手段和能力，很难在进料时把好关，从而增加了政府部门的管理难度。
5.大多数食用菌出口企业规模小、加工能力弱。目前，相当一部分加工企业还停留在保鲜、烘干、盐渍等粗加工的层次，深加工能力普遍较弱，同时缺乏对进口国技术法规、标准要求的整理、收集，生产有一定的盲目性。
6.出口品种比较单一。宁德规模化生产栽培的食用菌品种已达30余种，但目前的出口主要还是以香菇、白木耳、黑木耳等传统大宗品种为主，新特产品的竞争优势未能有效发挥。
为此，福建出入境检验检疫部门建议：
1.加快食用菌基地的建设和出口备案步伐。推广“公司＋基地＋标准化”的模式，大力推行绿色、无公害生产和良好农业种植规范（GAP）体系，在宁德、漳州等出口食用菌主产区由地方政府建立专门的出口基地或由出口食用菌协会向出入境检验检疫部门推荐备案基地。
2.建立健全卫生质量保障体系。进一步加强对农药生产许可、生产、市场流通等环节的管理，食用菌主管部门加强对种植规范、技术的宣传和指导，重点引导种植户杜绝禁用药的使用和科学、合理用药。
3.进一步扶优扶强。培植规模化经营的龙头企业或集团公司，鼓励我国食用菌企业产业升级，推动实施品牌战略，提高在国内外市场所占份额和知名度。
4.进一步优化品种结构。加大对食用菌新品种的研发力度，指导菇农科学、合理用药，改变新特产品因药残问题无法扩大出口的局面，提高秀珍菇、茶树菇等珍稀品种的出口比例。
5.实施食用菌出口多元化战略。不断扩大在欧美等发达国家的市场份额，积极开拓东南亚、非洲等潜力市场，规避出口过于集中所造成的风险。
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