美国审计总署（GAO）发布了一份报告，指出了多项联邦机构应该改善之处，以进一步确保进口食品安全。这份报告评估了美国海关和边境保护局（CBP）、食品和药物管理局（FDA）以及农业部的食品安全和检验机构(FSIS)如何应对监督进口食品安全的挑战；评估了FDA如何通过与其它实体（例如州府和外国政府）协作以利用资源；并且确定了FDA如何利用其对于动态进口符合性定位系统的风险预评估来监督进口食品安全。
GAO感谢CBP、FDA和FSIS采取措施迎接挑战，以确保数量渐增的进口食品的安全性。例如，CBP维护供进口商使用的系统，以向FDA提供食品货物进口信息，并对那些不能满足食品安全法规的进口商进行民事处罚。FDA对所有正式进口的食品进行电子审查，并检查一些外国食品生产企业以防止违法食品到达美国的商店。FSIS采用了相似的系统，要求出口肉类、家禽以及加工蛋产品到美国的国家证明他们的食品安全系统能提供与美国的系统同一水平的保护措施。FSIS还开发了一种新的互联网用途—公共卫生信息系统，按照预期，该系统可以让FSIS通过电子形式接收外国的健康证书，并且将经外国政府鉴定的可靠及时的货物信息预告给FSIS。
除了这些措施外，该报告还指出以下四个在执行和协作方面的不足之处，可能会无法确保高风险食品经过检查不会进入本国贸易。
CBP的进口审查系统没有在进口食品抵达美国港口时及时通知FDA和FSIS。FDA和FSIS无法获得到达时刻的信息，也就不可能知道需要检查和重新检查的货物何时到达港口，这就潜在的增加了不安全食品到达美国市场的风险。CBP正着手提供空运和陆运货物的信息给FDA，但是还没有提供给FSIS。CBP也正在部分地改进其进口审查系统以加强同其它政府机构的数据共享，但是CBP的官员声称：因为经费短缺以及在系统设计方面的无法预见的困难，系统关键部分的改进还需时间。此外，这个新的系统是否能解决到达时刻信息的日常传输也还是一个未知数。
FDA在确保进口商满足其法规方面的权力是有限的。FDA依靠CBP和进口商之间的联系来阻止FDA管控的货物过早通关，但是即便是最大限度的联系通常也不能阻止FDA还未放行的进口食品的销售。
CBP和FDA没有对进口商使用统一的唯一编号。这是因为FDA依靠登记档案员指派的识别号来生成FDA自己的进口企业标识符，随着时间推移，通常导致单个企业生成多个标识符。因此，FDA无法盯牢源自高风险进口商的货物。
CBP面临管理扣留货物（例如，那些在美国国内流动的，并没有正式进入国内贸易）的挑战。食品是一种最普遍的通过船只运送的扣留产品，除非CBP修改其相关的扣留法规，否则那些应该被扣留的违法食品未被发现就会进入美国市场。
GAO也指出FDA没有共享某些信息，例如召回产品的流向表。这会导致州府的官员不能将百货商场和仓库中的受污染产品及时回收。而FSIS在召回时就对公众发布了某些信息，特别是，假如产品在零售时被召回，那些召回的肉和禽类产品的零售商的姓名和地址。
该报告也对FDA的预测系统进行了概述，该系统使用产品内在的食品安全风险和进口商的违法史等标准来确定某批货物的风险。2007年的预测试用测试可以看出，该系统能增强FDA识别高风险产品的能力，而大部分低风险产品无需人工检查就可以进入美国市场。FDA计划从2009年9月开始，在所有港口对所有FDA规管的商品部署预测系统，但是在那时还未推出测试该系统性能的计划。此外，报告还指出FDA如果没有对于预测系统的信息技术战略计划和其它现代化手段，就不能最终圆满地完成其使命。
有鉴于此，GAO建议FDA从国会争取权力来核定那些违反FDA的食品安全法规的企业和个人的民事罚款，并确定哪些行为受这种新权力的管辖，以及恰当的性质和处罚幅度。GAO也建议CBP确保自动化的商务环境能够接受出口FDA管控食品的外国企业的唯一识别码，同时FDA应探索提高对外国企业唯一标识符的识别能力。最后，为了增强FDA的拒绝过程和CBP的重新发还过程的机构协调性和效率，GAO认为这两个机构应该深入研究，使港口联合行动变得可行。
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