日本政府于2002年12月提出“生物技术产业立国”口号，政府把生物产业作为国家核心产业加以发展，出台了多个重要政策，加速生物技术的利用和生物产业的发展。经过多年的努力，日本已经跻身生物技术强国之列。
目前，日本在发酵工程、生物医药（尤其是基因工程和单克隆抗体制备）、生物环保、生物能源等多个生物技术产业领域均具有独特优势。在药物发现、生物服务、生物仪器和功能食品等方面具有良好的前景。
日本大力推进环境保护技术，早在1986年通产省就开始实施“大规模水复兴90计划”,以应对欧美和日本对生物整治和废水处理技术的迫切需求。这项计划帮助许多企业建立了废水处理系统。现在，许多日本公司向欧洲出口废水处理设备和技术。
日本在生物医药领域的发展起步晚于欧美国家，但日本政府采取一系列战略措施大力支持生物医药产业的发展，成果显着。2003年，日本的生物药市场规模为3795亿日元；2004年，为4182亿日元；2005年，达到4594亿日元；呈逐步增长趋势。目前，生物药在所有批准的药物中占大约5~10%.由于日本在单克隆抗体药物制备方面具有优势，生物药中抗体药约占10%,并且呈现进一步增长趋势。未来的生物药发展过程中，日本不仅注重与药物同时使用的活性蛋白的开发，而且注重给药系统和成药技术的研发。
日本生物能源的研究已经进行了20多年。该项工作主要集中在能源生物的生产和生物能源的转化上，具体表现在以下四个方面：（1）生物体产生甲醇的新颖汽化系统的研究；（2）通过自然产生的细菌的共培养和专用型分解酶，使纤维素和半纤维素生物材料转化为乙醇的研究；（3）分离和浓缩生物发酵中产生的乙醇的生物膜技术研究；（4）牲畜粪便半固体甲烷发酵系统的研究。
目前，日本已在一定范围内培育和改善了能源作物，建立了新的能源植物栽培体系，并且在生物技术转化方面取得了重要成就，主要表现在以下几个方面：一是将稻壳进行热转化，产生氢气和一氧化碳；二是将生物体通过蒸汽汽化作用产生甲醇；三是以猪粪便、厨房废料和城市可燃烧废料为材料，采用半固体甲烷发酵法生产甲烷；四是完成了原料淀粉酶的筛选；五是纤维素、半纤维素材料直接转化为乙醇；六是乙醇分离和浓缩的膜技术和用于乙醇生产的膜生物反应器的研制。
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