美国审计总局称，美国食品及药物管理局定期发布及更新进口警报，以防止未能符合《联邦食品、药物及化妆品法》规定的食品、药物、生物制品、化妆品、医疗仪器以及释放辐射电子产品进口美国，当中涉及来自多个国家的众多产品。举例来说，进口食品必须符合若干与纯净、卫生、安全及标签等相关的标准。假如产品未能符合上述标准或其他法例规定，则会在边境被扣留，不得进入美国。食品及药物管理局可以使用多种手段确保进口食品安全，包括发布进口警报以指示该局职员在边境扣留有关食品及其他受规管产品，事前毋须对产品进行实际检查。进口警报的目的在于确保未能符合规定的受规管产品不能进口美国。除非进口商可以提出证据，证明产品符合规定，如第三方化验所的分析结果，或进口产品能通过检测证明安全及符合所有适用规定。
食品及药物管理局针对众多来自香港及中国内地的产品发出了进口警报，其中现行的香港产品警报有45项，中国内地产品有70项。美国对中国内地产品发出的进口警报最多，其后是加拿大（61项）、墨西哥（59项）、泰国（47项）、香港（45项）、台湾（43项）、印度（41项）、日本（39项）及英国（37项）。
近年，食品及药物管理局高调发出多项进口警报，令美国消费者对中国内地食品产生负面印象，也促使美国当局于2011年1月4日颁布《食品安全现代化法》。最受关注的出口警报于2007年4月发出，当中涉及植物蛋白产品。当时食品及药物管理局指若干类宠物食品含有有害物质三聚氰胺。其后，三聚氰胺污染事件牵连其他中国内地产品及供应商。因此，美国当局再发出两项出口警报，涉及所有奶类产品、奶类成份、含有来自内地11家企业的朱古力/可可粉、果冻粉、若干类奶类/黄油产品、汽水、糖果及烘焙食品。
美国食品及药物管理局现有6项针对海产的进口警报，当中4项与残留药物有关，其余两项则涉及违反HACCP食品安全管理体系。纵使美国联邦政府已采取上述及其他行动以确保进口海产的安全，但美国审计总署在近期的调查发现，海产进口量急升，但食品及药物管理局的监督计划未能配合，必须加以改善，确保含有有害物质的海产不会进入美国。该署亦发现，食品及药物管理局难以透过每年对外国海产加工商及进口商进行的检查，有效执行HACCP的规定。
食品及药物管理局的检查员只查核记录，确保加工商及进口商注意从养鱼场购入的海产是否含有有害物质，包括残留药物。一般而言，检查员不会到养鱼场进行实地检查，以评估药物的使用，或负责化验有关海产的化验所的检测能力及品质控制。此外，食品及药物管理局对5个外国供应地（中国内地、智利、印度、印度尼西亚及越南）进行评估，收集这些供应地的水产养殖计划资料。不过，由于食品及药物管理局缺乏相关程序、准则及标准，令评估工作受限制。
审计总署的报告指出，食品及药物管理局的抽样计划存在多项问题，例如不会检测美国多个主要海产贸易伙伴国批准在水产养殖上使用但未获美国政府批准的药物。因此，若干海产含有未获美国政府批准使用的残留药物仍可进口到美国。再者，报告亦表示，食品及药物管理局未能有效执行抽样计划。由2006至2009的财政年度，该局未能达到收集30%进口样本的原定目标；于2009年财政年度，检测样本仅占所有进口海产的0.1%.此外，该局共有13家化验室，但仅使用其中7家进行海产残留药物检测，未能善用资源。
相比之下，美国审计总署表示，欧盟会检视外国政府架构、食品安全规例及外国的养鱼场检测计划，并会到养鱼场实地视察，确保进口海产来源地的海产食品安全系统与欧盟相符。所以，美国审计总署的报告认为，美国可参考欧盟有关制度以作改善，包括要求希望向美国进口海产的国家制订残留物监测计划，藉此控制水产养殖业的药物使用。报告建议，食品及药物管理局更有效使用其化验室资源并参照其他国家的做法，藉此制订更周详的进口抽样检验计划。此外，美国审计总署认为，食品及药物管理局应制订计划，加强与商务部国家海洋渔业局合作，尽量利用后者的检查资源。
美国审计总署文件见：http://www.gao.gov/new.items/d11286.pdf
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