2013年，农产品电子商务交易额井喷的背后，带来的是物流包裹数量的激增。物流量的几何式增长和农产品（尤其是生鲜农产品）物流固有的高难度，成为了整个行业发展的挑战。2013年，各家物流企业和各类农产品专业服务商，加速了在农产品领域的布局和探索，推动着农产品物流的各类创新，这其中包含了物流模式、物流标准和物流载体上的创新，以及品类上的突破。
农产品物流模式创新
我国电商行业快速发展的十几年中，形成了许多典型的物流配送模式。如自建物流模式（典型如京东商城）、第三方物流模式（典型如淘宝卖家使用的“四通一达”等快递公司）和混合物流模式（典型如美国亚马逊商城，自建了大规模物流中心以掌控上游环节，同时外包配送环节）。
2013年5月成立的菜鸟网络，使得第四方物流模式进入了人们的视野，第四方物流公司原则上自己不做实际的操作运营，而是做第三方管理，整合资源和管理资源但对管理结果和服务结果负责。菜鸟网络做的就是这样智能物流网络系统，为众多网商、服务商提供物流解决方案和咨询服务。
冷链是农产品电商（尤其是生鲜电商）永远无法回避的问题，不仅仅需要建库房，同时还必须要有冷藏+冷冻的混合配送车辆，冷藏周转箱及恒温设备，以及末端宅配冷藏配送工具，否则再好的商品，送到客户那里都会成问题商品。目前在我国具备食品运输资质和冷链运输的物流企业中，大部分都没有能力去做“最后1公里”的配送，反之也是如此。菜鸟网络通过整合全国冷链物流的模式，集合了冷链公路货运、冷链中转中心、城市冷链配送公司，落地配公司等多种物流资源，创新发展了“二段式配送”物流模式。
该模式解决了生鲜电商跨区销售难，生鲜电商商品保鲜难的问题，而且有效的控制了成本。
农产品物流标准创新
农产品标准化在国外发达国家已经基本普及，如日本在1997年就制定了生鲜食品电子交易标准，欧美国家关于农产品的各种标准更是相对成熟。但在我国在这方面却有很大的差距，且现存的农产品标准多为生产标准，农产品流通的标准存在缺失。快速发展的农产品电子商务为农产品流通标准的完善提供了机会，新型流通模式下众多的网商和服务商用草根的智慧探索并更新着农产品流通的标准，尤其是物流的标准。
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