在菲律宾，对农药使用情况的监管主要由农业部附属机构化肥和农药局（Fertilizer and Pesticide Authority，简称FPA）负责，主要涉及农药的许可、进口控制、产品质量控制、产品管理程序制度化管理、农药产品注册、公众信息培训等方面。其中，许可证是进口、出口、生产，配制，重新包装，分配、交付、销售、运输、储存和使用任何农药和其他农业化学品的先决条件；农药的产品注册是一种生成相关信息的机制，以确保农药使用过程中的安全、公共卫生和环境保护。与农药监管相关的法规文件主要涉及1144号总统令、相关的执行规章和制度以及《肥料、农药监管政策和实施指南》（《绿皮书》）。
目前菲律宾并没有制定系统的农药残留限量国家标准，目前为止，发布了有关大米、香蕉、芒果、菠萝、黄秋葵和芦笋等几类作物的农药残留限量国家标准作为初始清单。这些产品中农药的最大残留限量是基于FPA注册农药产品的最大残留限量清单、国际食品法典委员会（CAC）制定的最大残留限量、东盟农药最大残留限量、日本农业标准（JAS）以及各注册公司遵循生产实践产生的数据。另外，针对菲律宾本国农药控制实际，菲律宾FPA制定了农药禁限清单，其中，禁用名单涉及31种化学品，限用名单涉及17种化学品，分别详见表1和表2。
表1 菲律宾禁用农药清单
表2 菲律宾限用农药清单
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