染色体级别的“碧云”茶树参考基因组图谱 高立志供图
本报讯 近日，生物学预印本服务器（www.biorxiv.org）在线发表了中美科学家联合研究团队的最新成果，该团队采用单分子实时测序（SMRT）和 Hi-C技术，在20多个代表性小叶茶品种中选用杂合度较低的小叶茶良种“碧云”，将组装获得的约2.85Gb 的基因组序列挂载到了15 条假染色体上，在国际上首次获得了达到染色体级别的茶树中国茶变种的参考基因组序列。
论文通讯作者高立志告诉《中国科学报》，通过与基于基因组二代测序技术发表的小叶茶舒茶早基因组草图比较基因组学分析表明，该研究获得的基因组图谱scaffold N50长度高达195.68 Mb，在组装准确性与完整性上都得到了极大的提升；解析获得了包括茶多酚、茶氨酸和咖啡因生物合成相关基因在内的40812个蛋白编码基因的准确序列，首次及时地为全世界茶学研究者提供了准确的茶树基因信息。
“染色体级别的茶树‘碧云’参考基因组图谱的获得，让我们第一次看到了茶树基因组大小变异的动态历史与成因的真实面目。”高立志表示，利用三代测序技术获得的“碧云”茶树参考基因组使我们追溯到，在过去100万年中迅速扩增导致了庞大的茶树基因组。
这张图谱的绘制，将进一步推进决定茶叶适制性、风味和品质以及茶树全球生态适应性遗传基础的认识；加速茶树功能基因组学研究、性状解析、优异新基因发掘以及旨在提高茶叶品质和适应性的茶树新品种培育，为茶叶深加工产业又快又好地发展提供科技支撑；也将促进茶树起源与驯化这一重大科学问题的回答并推动全球野生茶树种质资源的遗传保护。
相关论文信息：https://doi.org/10.1101/2020.01.02.892430
18926578588