多物种遗传变异数据库
近日，华中农业大学信息学院生物信息团队在Nucleic Acids Research中发表题为“Plant-ImputeDB: an integrated multiple plant reference panel database for genotype imputation”的研究论文。该研究通过收集包括水稻，玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息，构建了植物中首个多物种的高质量遗传参考变异库，为植物遗传育种研究提供了宝贵资源。
基因型填充（Genotype imputation）是根据参考面板（reference panles，又译参考集）中的单体型和基因型对目标样本中缺失基因型的估计填充过程。基因型填充可有效增加单核苷酸多态性（SNPs）密度，因此被广泛用于相对便宜和低密度的SNP芯片的填充以进行大规模全基因组关联研究（GWAS）。然而，大多数植物缺乏高质量的参考面板，这极大限制了基因型填充在植物中的应用。
为克服这一限制，研究团队开发了植物遗传参考变异库--Plant-ImputeDB，数据库整合了包括水稻，玉米、小麦、油菜和棉花等12个重要农作物的遗传变异信息和全基因组重测序数据（包括34,244个样本的约6,990万个SNP的遗传变异信息），构建了植物中首个多物种参考面板的综合数据库。该数据库提供在线的基因型填充，支持SNP和基因组block两种方式搜索、浏览并提供相应数据下载，同时接受不同类型的基因组变异数据的提交，提供对所有公开可用数据的免费和开放访问，以支持全球范围相关研究。
信息学院硕士研究生高英杰、博士研究生杨植全、杨文倩为论文并列第一作者，牛晓辉副教授、杨庆勇副教授和龚静教授为论文共同通讯作者，博士研究生杨彦波参与了研究工作，该研究成果得到中央高校基本科研业务费、国家重点研发计划、华中农大科技创新基金等项目资助。
数据库链接：http://gong_lab.hzau.edu.cn/Plant_imputeDB/
原文链接：https://doi.org/10.1093/nar/gkaa953
18926578588