一、申请阶段
新建和新转让的食品企业，应当及时向质量技术监督部门申请食品生产许可证。省级、市（地）级质量技术监督部门在接到企业申请材料后，在15个工作日内组成审查组，完成对申请书和资料等文件的审查。企业材料符合要求后，发给《食品生产许可证受理通知书》。 企业申报材料不符合要求的，企业从接到质量技术监督部门的通知起，在20个工作日内补正，逾期未补正的，视为撤回申请。
二、审查阶段
企业的书面材料合格后，在40个工作日内，企业要接受审查组对企业必备条件和出厂检验能力的现场审查。现场审查合格的企业，由审查组现场抽封样品。审查组或申请取证企业应当在10个工作日内（特殊情况除外），将样品送达指定的检验机构进行检验。
经必备条件审查和发证检验合格而符合发证条件的，地方质量技监部门在10个工作日内对申报报告进行审核，确认无误后，将统一汇总材料在规定时间内报送国家质检总局。
国家质检总局收到省级质量技监部门上报的符合发证条件的企业材料后，在10个工作日内审核批准。
三、发证阶段
经国家质检总局审核批准后，省级质量技监部门在15个工作日内，向符合发证条件的生产企业发放食品生产许可证及副本。
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